Вищим законодавчим органом Асоціації - є Конференція, яка скликається раз на рік і включає в себе представників всіх дитячо-юнацьких організацій самоврядування району. На Конференції шляхом голосування обирається голова Асоціації "Лідер ХХІ".

Виконавчу функцію Асоціації виконує Координаційна Рада, яка координує роботу творчих центрів, що охоплюють основні напрямки діяльності дитячо-юнацьких громадських організацій.

Асоціація тісно співпрацює з органами місцевої влади, громадськими організаціями, Харківською міською організацією учнівського самоврядування. Роботу учнівського самоврядування координують методисти Управління освіти Шевченківського району та ЦДЮТ №1, заступники директорів закладів освіти з виховної роботи та куратори учнівського самоврядування закладів загальної середньої освіти району.

"Спортивно-оздоровчий центр" - передбачає фізичне вдосконалення, розвиток потреби у здоровому способі життя. Участь в інформаційно-просвітницьких програмах з проблем попередження ВІЛ / СНІДу, негативних проявів у молодіжному середовищі.

Робота "Правової корпорації і Дебатного клубу" спрямована на формування правової культури, попередження випадків булінгу, створення в закладах освіти інституту шкільного омбудсмена. А також шанобливого ставлення до державних символів, прав і свобод людини і громадянина; знання Конституції та Законів України.

У рамках роботи "Екологічного центру" формується екологічна культура та екологічна грамотність учнівської молоді. Учнями ініціюється проведення акцій і компаній, спрямованих на дослідження та охорону навколишнього середовища.

Організацією змістовного дозвілля дітей, розвиток їх соціально-комунікативних навичок займається "Естетичний (творчий центр)" - це проведення свят, розважальних заходів, творчих конкурсів, районного етапу міського чемпіонату шкільних команд гумору.

"Центр міжнародних зв'язків (Євроклуби)" спрямований на створення, підтримку та зміцнення культурних, наукових, ділових контактів між шкільною молоддю України та країн ЄС з метою сприяння інтеграції на місцевому рівні, вивчення мов і культур країн, що входять до ЄС.

"Центр управління знаннями та моніторинговими дослідженнями" ставить перед собою головну мету - це розвиток лідерських якостей, шляхом тісної співпраці зі школами розвитку "Мер міста", "Школа лідера", "Школа підприємця"," Школа омбудсмена", "Школа журналіста", які проходять з ініціативи Харківської міської організації учнівського самоврядування. У ході роботи центру лідери учнівського самоврядування знайомляться з важливими діловими якостями сучасного лідера, а також з практичними аспектами управлінської діяльності та методами самодіагностики і розвитку особистісного потенціалу.

"Центр музейного руху" веде активну діяльність по формуванню почуття відповідальності за збереження національної культури та національної історії. Шкільний музей, будучи частиною відкритого освітнього простору, покликаний підтримувати зв'язок між сім'єю, школою і державою.

Виховання молодого покоління в дусі національної самосвідомості, формування патріотичних почуттів, зміцнення високого ідеалу служіння своєму народові, готовності до трудового та героїчного подвигу в ім'я процвітання своєї країни, формування морально-психологічного духу, а також вивчення традицій і героїчних сторінок історії українського народу ставить перед собою "Патріотичний центр".

Головною метою "Прес-центру" є розвиток навичок журналістики у дітей, створення єдиного інформаційного простору у вигляді видання шкільних газет та районної газети Асоціації "Лідер XXI".

"Центр соціального проєктування" сконцентрував увагу на формуванні соціальної та громадянської компетентності учнів. Уміння працювати з іншими на результат при створенні і реалізації соціальних ініціатив та проєктів, а також у волонтерській діяльності - мета роботи центру.